MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 7206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_017167	CCG	2	6	336433	336438	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1002	NC_017167	ACC	2	6	336542	336547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1003	NC_017167	AGG	2	6	336575	336580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1004	NC_017167	AGC	2	6	336615	336620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1005	NC_017167	GGGA	2	8	336671	336678	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_017167	GC	3	6	336786	336791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1007	NC_017167	GGA	2	6	336859	336864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_017167	AGG	2	6	336974	336979	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1009	NC_017167	G	6	6	336985	336990	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_017167	CGG	2	6	337025	337030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1011	NC_017167	GA	3	6	337123	337128	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_017167	ACC	2	6	337296	337301	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1013	NC_017167	GTT	2	6	337313	337318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_017167	CCT	2	6	337384	337389	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1015	NC_017167	CG	3	6	337437	337442	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1016	NC_017167	GGT	2	6	337520	337525	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_017167	CGT	2	6	337715	337720	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1018	NC_017167	ACCG	2	8	337799	337806	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1019	NC_017167	GAAG	2	8	337921	337928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1020	NC_017167	GAC	2	6	337943	337948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1021	NC_017167	GGGA	2	8	338144	338151	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1022	NC_017167	CCT	2	6	338154	338159	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1023	NC_017167	AGGT	2	8	338164	338171	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_017167	AAAG	2	8	338265	338272	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_017167	GCC	2	6	338316	338321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1026	NC_017167	TCC	2	6	338355	338360	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1027	NC_017167	CAG	2	6	338405	338410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1028	NC_017167	ACC	2	6	338428	338433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1029	NC_017167	ACG	2	6	338605	338610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1030	NC_017167	AGG	2	6	338643	338648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_017167	ACC	3	9	338681	338689	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1032	NC_017167	GGC	2	6	339894	339899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1033	NC_017167	ACG	2	6	339909	339914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1034	NC_017167	GCG	2	6	339917	339922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1035	NC_017167	TG	3	6	339976	339981	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_017167	C	6	6	340071	340076	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1037	NC_017167	AGC	2	6	340085	340090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1038	NC_017167	CG	3	6	340108	340113	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1039	NC_017167	GAA	2	6	340128	340133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_017167	GTG	2	6	340218	340223	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1041	NC_017167	GCA	2	6	340234	340239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1042	NC_017167	AGG	2	6	340246	340251	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_017167	AGGG	2	8	340276	340283	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_017167	CGA	2	6	340318	340323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1045	NC_017167	AGG	2	6	340416	340421	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_017167	GAC	2	6	342130	342135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1048	NC_017167	GAC	2	6	342203	342208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1049	NC_017167	GGT	2	6	344717	344722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_017167	GA	3	6	344731	344736	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_017167	CT	3	6	344748	344753	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1052	NC_017167	ACAT	2	8	344828	344835	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1053	NC_017167	GA	3	6	344849	344854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_017167	TCT	2	6	344862	344867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1055	NC_017167	AGA	2	6	344870	344875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_017167	TCCGAA	2	12	344886	344897	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_017167	CATGAG	2	12	349543	349554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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1059	NC_017167	GAA	2	6	350954	350959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_017167	GT	3	6	350998	351003	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_017167	TCC	2	6	351032	351037	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1062	NC_017167	C	6	6	352321	352326	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1063	NC_017167	TGGGC	2	10	352405	352414	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
1064	NC_017167	CGGC	2	8	352424	352431	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1065	NC_017167	CCG	2	6	352448	352453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1066	NC_017167	CTTT	2	8	352731	352738	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1067	NC_017167	ATG	2	6	352740	352745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_017167	TG	3	6	352744	352749	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_017167	TCCTG	2	10	352754	352763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1070	NC_017167	GAG	2	6	352770	352775	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_017167	GC	3	6	352862	352867	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1072	NC_017167	GAA	2	6	352933	352938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_017167	T	6	6	352966	352971	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1075	NC_017167	GTA	2	6	353046	353051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1076	NC_017167	TGA	2	6	353191	353196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1077	NC_017167	CATG	2	8	353206	353213	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1078	NC_017167	CGG	2	6	354095	354100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1079	NC_017167	CAAG	2	8	355988	355995	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1080	NC_017167	TGC	2	6	356009	356014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1081	NC_017167	AAGGA	2	10	356086	356095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
1082	NC_017167	GCT	2	6	356732	356737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1083	NC_017167	AGT	2	6	360409	360414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1084	NC_017167	CTTT	2	8	360449	360456	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1085	NC_017167	CCCG	2	8	361793	361800	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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1087	NC_017167	CTT	2	6	361835	361840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1088	NC_017167	TCATC	2	10	361845	361854	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
1089	NC_017167	CAGGA	2	10	361868	361877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
1090	NC_017167	CAG	2	6	361927	361932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1091	NC_017167	ACG	2	6	362019	362024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1093	NC_017167	ATCA	2	8	362078	362085	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1094	NC_017167	GTG	2	6	362096	362101	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1095	NC_017167	CAG	2	6	365497	365502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1096	NC_017167	TG	3	6	365568	365573	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_017167	GCG	2	6	365654	365659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1098	NC_017167	C	6	6	365673	365678	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1099	NC_017167	TGGT	2	8	365691	365698	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_017167	TCG	2	6	366488	366493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1101	NC_017167	TCA	3	9	366503	366511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1102	NC_017167	CAG	2	6	367232	367237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1103	NC_017167	GGT	2	6	369218	369223	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1104	NC_017167	GCGA	2	8	369303	369310	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1105	NC_017167	CA	3	6	369374	369379	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1106	NC_017167	CCA	2	6	369402	369407	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1107	NC_017167	ATTT	2	8	369488	369495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_017167	GC	3	6	369640	369645	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1109	NC_017167	GA	3	6	369659	369664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_017167	ACT	2	6	369997	370002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1111	NC_017167	CT	3	6	370033	370038	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1112	NC_017167	CCAGT	2	10	370089	370098	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1113	NC_017167	TTC	2	6	370106	370111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1114	NC_017167	TTATGC	2	12	370121	370132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1115	NC_017167	CGC	2	6	370186	370191	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1116	NC_017167	GCA	2	6	370203	370208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1117	NC_017167	AG	3	6	370211	370216	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1118	NC_017167	CGG	3	9	376359	376367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1119	NC_017167	TCC	2	6	376705	376710	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1120	NC_017167	CG	3	6	376756	376761	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1121	NC_017167	CGG	2	6	376805	376810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1122	NC_017167	CAG	2	6	376851	376856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1123	NC_017167	GTA	2	6	376857	376862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_017167	GAGC	2	8	376958	376965	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1125	NC_017167	CTT	2	6	377005	377010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1126	NC_017167	CAC	2	6	377025	377030	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1127	NC_017167	ACG	2	6	381583	381588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1128	NC_017167	A	6	6	381591	381596	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_017167	TTG	2	6	381632	381637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1130	NC_017167	TCGAA	2	10	383404	383413	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1131	NC_017167	TTCG	2	8	383446	383453	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1132	NC_017167	AAG	2	6	383456	383461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1133	NC_017167	G	6	6	388422	388427	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1134	NC_017167	GAG	2	6	388447	388452	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1135	NC_017167	CGA	2	6	388487	388492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1136	NC_017167	GC	3	6	388504	388509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1269	NC_017167	AGGG	2	8	463083	463090	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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